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基因数据处理38之dbSnpId到omimId的映射表

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：170

1.下载：首先收到【2】，来源是【2】【1】中有描述： You can also get those SNPs with an OMIM ID number by downloading from the dbSNP FTP site: the OmimVarLocusIdSNP table contains the information you need for your organisim of interest ([详细]
基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：175

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ---------------------------------------[详细]
基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：141

副标题#e# 直接看结果：（1）art仿真数据： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln ##ART_Illumina read_length 100@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20[详细]
基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：70

脚本： hadoop@Master:~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem$ cat compile.pl #! /usr/bin/perlsystem "mvn clean package";chdir "./src";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "./main/jni_fpga";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "../a[详细]
基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：53

1.概念： ART基因序列数据生成器详细请见论文：【1】和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp[详细]
基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：120

副标题#e# 1.先使用art生成数据：请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.[详细]
基因数据处理48之ART使用实例

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：183

副标题#e# 相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ====================ART==================== ART_Illumina[详细]
求0至大数之间的随机数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：71

题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is?NOT?allowed. You should?NOT?use internal library such as?B[详细]
??攻略｜13招神技让你在数据科学和数据分析工作中脱颖而出

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：75

副标题#e# 简介：我有幸在很早参与了一个大数据科学项目，我非常喜欢其中的工作，甚至我意识到我的努力可以增加一些公司的价值。然而，可悲的是，只有不到30%的数据科学项目最终实施了。我备受打击的意识到我的努力被浪费了。但是，我不是唯一的一个。几乎[详细]
基因数据处理46之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装没问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：125

版本：https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem/releases/tag/v0.2.1 1.需要设置spark路径： !--systemPath/cluster/spark/spark-1.3.1-bin-hadoop2.4/lib/spark-assembly-1.3.1-hadoop2.4.0.jar/systemPath -- systemPath/home/hadoop/cloud/sp[详细]
基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：51

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果：问题：匹配50条的时候，bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条，其中25和50条重读的很多，匹配位置不同。不知道为啥？记录： D:1win7javajdkbinjava -Didea.launcher.port=7538 "-Did[详细]
《剑指offer》:[16]打印1到最大的N位数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：135

题目：输入数字N，按顺序打印从1到最大的n位十进制数。比如输入3，则打印出1、2、3一直到最大的三位数即：999. 乍一看这个题目很简单，我们很快就会写出下面的代码： void onetoN(int n){int number=1;for(int i=0;in;i++){number*=10;}for(int i=1;inumbe[详细]
基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行（1千万条100bp的reads）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：199

副标题#e# 1.art生成模拟序列： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20 2.上传到hdfs，制定partition数 spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master spark://[详细]
NDK开发 - JNI数组数据处理

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：139

副标题#e# 很多时候利用 NDK 开发都是为了对数据进行加密操作，因为单纯的 Java 太容易被反编译了，加密算法也就很容易被破解，而利用 C/C++ 开发可以加大破解难度。文件的数据加密就需要通过 byte 数组传给 JNI。传送门：NDK开发 - JNI数组数据处理 JNI[详细]
利用BI搭建零售业数据信息平台

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：163

某百货公司是全市规模最大的以零售为主、多元化经营的股份制商业企业。拥有员工数千人，经营国内外品牌2300余种，年商品销售额逾10亿人元。销售体量如此庞大的企业近几年在IT建设上出现了问题，集团内部的信息化数据有些跟不上业务扩张的步伐。虽然该集团[详细]
BZOJ 1670 [Usaco2006 Oct]Building the Moat护城河的挖掘

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：113

Description 为了防止口渴的食蚁兽进入他的农场，Farmer John决定在他的农场周围挖一条护城河。农场里一共有N(8=N=5,000)股泉水，并且，护城河总是笔直地连接在河道上的相邻的两股泉水。护城河必须能保护所有的泉水，也就是说，能包围所有的泉水。泉水一定[详细]
基因数据处理70之Picard安装没成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：146

1.下载： https://github.com/broadinstitute/picard.git 2.安装： hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdkBuildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/build.xmlclone-htsjdk: [exec] Cloning into 'htsjdk'... [echo] Checking out HTSJDK[详细]
OBIEE RPD开发

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：107

A parent-child hierarchy is a hierarchy of members that all have the same type. This contrasts?with level-based hierarchies,where members of the same type occur only at a single level of the?hierarchy. The most common real-life occurrenc[详细]
基因数据处理39之mango安装记录

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：73

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 mango安装记录 mango主要是在adam上实现可视化平台 A scalable genome browser 2.代码： git clone https://github.com/bigdatagenomics/mango.gitcd mangomvn clean package -DskipTests[详细]
基因数据处理41之mango使用失败

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：82

hadoop@Master:~/xubo/tools/adam-2.10-0.19-git/bin$ mango-submit /xubo/mango/snap/datatest.fa.adam -read_files /xubo/mango/snap/datatest2.sort.bam.adam -var_files /xubo/mango/snap/datatest2.flt.vcf.adam -feat_file /xubo/mango/snap/datates[详细]
51NOD 1116 K进制下的大数(字符串取模 + 枚举)

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：70

传送门 1116 K进制下的大数基准时间限制：1 秒空间限制：131072 KB 分值: 20 难度：3级算法题收藏关注有一个字符串S，记录了一个大数，但不知这个大数是多少进制的，只知道这个数在K进制下是K - 1的倍数。现在由你来求出这个最小的进制K。例如：给出[详细]
poj3181 Dollar Dayz (DP+大数)

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：50

Dollar Dayz Crawling in process... Crawling failed Time Limit:1000MS???? Memory Limit:65536KB???? 64bit IO Format:%I64d %I64u Submit Status Practice POJ 3181 Appoint description: System Crawler (2016-05-27) Description Farmer John goes t[详细]
基因数据处理40之bedtools的安装和使用

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：93

1.下载： git clone https://github.com/arq5x/bedtools.git 2.编译： make 3.配置： cp * /usr/local/bin/ 4.运行： bam变成bed hadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i datatest.sorted.bam datatest.sorted.bed 查看： hadoop@Master:~/xubo/data[详细]
基因数据处理42之mango问题_seqdict.avro不存在解决

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：84

副标题#e# 参考【1】中问题解决问题分析：这是新版本的问题：adam0.19.1目前在maven中心仓库没有解决办法： package org.gcdss.testimport java.io.Fileimport java.nio.file.Filesimport org.apache.parquet.hadoop.metadata.CompressionCodecNameimport[详细]
推荐系统技术之文本相似性计算（三）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：179

副标题#e# 今天这篇也比较长，但中间有部分是代码，7，8，9最后三节的信息我认为较为有用。前面说了两篇了，推荐系统技术之文本相似性计算（一）和推荐系统技术 --- 文本相似性计算（二）分别介绍了 TFIDF 和向量空间的相关东西，然后介绍了主题模型，这[详细]

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